PPM Research Group

Plant Pathology and Mycology Research Group

Department Head: MSc. Katarína Adamčíková, PhD.

Area of research

The Plant Pathology and Mycology research team is focused on diseases of trees in urban greenery and forest stands, pathogens and insect pest identification, host-pathogen interactions and pathogen biology studies. Members of research team deal also with fungal taxonomy and diversity, methods of tree protection, and effects of entomopathogenic fungi on insect pest populations. The research includes studies on the impact of climate and stand conditions on occurrence and spread of fungal diseases and insect pests.

Beside basic research our staff is involved in applied one (expert advices regarding health conditions and stability of trees).

Areas of research include:

  • monitoring of fungal pathogens and/or disease spread, host range, disease extent and intensity
  • isolation and identification of fungal tree pathogens (quarantine, invasive, novel species)
  • fungal taxonomy, species diversity, morphological variability
  • correlations between asexual and sexual stages of fungi
  • characterization of fungal strains (virulence, vegetative compatibility, mycoviruses, reproductive-mating system)
  • control measures: biological (mycoviruses, entomopathogenic fungi, antagonisms), chemical (trunk injection), resistance (identification of resistant individuals, trees susceptibility)
  • impact of climate and stand conditions on disease occurrence and spread
  • studies on entomopathogenic fungi infecting insect pests of trees, identification and prevalence of the fungi in host populations, and virulence bioassays in laboratory
  • biology and ecology of invasive insect species trophically associated with trees
  • population studies as population structure and diversity, the way of spreading, the gene flow and mode of reproduction and geographical distribution

Objectives

  • to analyse the causes of the dying of trees and the relationships between host and harmful agents
  • to study the impact of abiotic and biotic factors on ornamental trees in urban ecosystems
  • to study the biology of plant pathogens and their control using conventional, biotechnological and ecological methods
  • to identify bioclimatic and geographical factors affecting distribution area of fungal pathogens in connection with climate changes
  • to study the role of entomopathogenic fungi in the control of insect pest populations
  • to develop novel methods of entomopathogenic fungi implementation into the integrated pest management

Click for members


Non-destructive method of Acoustic Tomography for evaluation of tree stability in urban greenery

Relevant evaluation of tree stability could not be made solely by visual inspection due to hidden internal decay or initial decay. For relevant evaluation whether partial tree endanger human safety, health or property we recommend equipped evaluation of tree stability.

Acoustic tomography

  • belongs to profile methods evaluating transverse section of tree trunk
  • Fakopp 3D tomograph non-destructively detects extend and location of decay inside tree trunk
  • principle is in sound waves velocity measurement (microsecond accuracy) among several sensors applied around tree trunk, while the velocity decrease in presence of internal decay or hollow
  • final tomogram represents digital cross-section of internal structure of tree trunk (2D), possibly evaluation in more layers (3D)
  • by ArborSonic 3D software the principal safety factor of stability is being computed based on additional data (tomograms, tree height, canopy area, trunk inclination, maximal wind velocity)
  • evaluation of tree stability in the field takes approximately 10 to 30 minutes and it could be made almost all year round
2D tomogram of healthy tree

2D and 3D tomogram of decayed tree with decreased stability

For quotation of tree stability evaluation, please, contact us by e-mail katarina.adamcikova@ife.sk or mobile number +421-908-902-539

Expertise includes

  • Visual evaluation of tree health state
  • Equipped evaluation of tree stability by using of Fakopp 3D tomograph (Fakopp Bt., HU)
  • Expertise elaboration of overall tree stability with relevant tabular and visual copy
  • proposal of measures for preservation or increase of tree stability

References

Municipalities of towns and villages of Bratislava, Žilina, Komárno, Trnava, Pezinok, Martin, Nitra, Zvolen, Oponice, Dubová, Marcelová

[SK] Oddelenie fytopatológie a mykológie

Vedúca oddelenia: Mgr. Katarína Adamčíková, PhD.

Oblasť výskumu

Oddelenie fytopatológie a mykológie sa zaoberá patológiou drevín v mestskej zeleni a lesných porastoch, identifikáciou hubových patogénov a hmyzích škodcov, štúdiom vzťahov hostiteľ – patogén aj biológiou patogénov. Výskumný tím sa venuje aj taxonómii a diverzite húb, metódam v ochrane drevín a vplyvu entomopatogénnych húb na populácie hmyzích škodcov. Výskum zahŕňa aj štúdium vplyvu klimatických a stanovištných podmienok na výskyt a šírenie hubových ochorení a hmyzích škodcov drevín.

Okrem základného výskumu sa zameriavame aj na aplikovaný výskum (expertízne posudky ohľadom zdravotného stavu a stability drevín).

Výskum zahŕňa:

  • sledovanie a monitorovanie šírenia húb a/alebo ochorení, hostiteľského spektra, intenzity a rozsahu ochorenia
  • izoláciu a identifikáciu hubových patogénov drevín (karanténne, invázne, introdukované druhy)
  • taxonómiu, diverzitu a morfologickú variabilitu húb
  • vzájomné vzťahy medzi nepohlavným a pohlavným štádiom húb
  • popis a charakterizáciu hubových kultúr (virulencia, vegetatívna kompatibilita, mykovírusy, reprodukčný systém)
  • ochranné opatrenia: biologické (mykovírusy, entomopatogénne huby, antagonizmus), chemické (injektáž), rezistencia (identifikácia odolných jedincov, náchylnosť drevín)
  • vplyv klimatických a stanovištných podmienok na výskyt a šírenie chorôb
  • štúdium entomopatogénnych húb infikujúcich hmyzích škodcov drevín, identifikáciu a prevalenciu týchto húb v populáciách hostiteľa, laboratórne testy virulencie
  • biológiu a ekológiu inváznych druhov hmyzu troficky viazaných na dreviny
  • populačné štúdie ako populačná štruktúra a diverzita, spôsob šírenia, tok génov a spôsob reprodukcie a geografického šírenia hubových patogénov

Ciele

  • analyzovať príčiny odumierania stromov a vzájomné vzťahy medzi hostiteľom a škodlivými činiteľmi
  • študovať vplyv abiotických a biotických faktorov na okrasné dreviny v mestskom prostredí
  • študovať biológiu a reguláciu rastlinných patogénov pomocou tradičných, biotechnologických a ekologických metód
  • identifikovať bioklimatické a geografické faktory ovplyvňujúce areál rozšírenia hubových patogénov v súvislosti s klimatickými zmenami
  • študovať úlohu entomopatogénnych húb v regulácii populácií hmyzích škodcov
  • vývoj nových metód začlenenia entomopatogénnych húb do integrovaného systému ochrany drevín

Členovia


Nedeštruktívna metóda AKUSTICKEJ TOMOGRAFIE pri hodnotení stability drevín vo verejnej zeleni

Objektívne stanovenie stability drevín nie je možné iba na základe vizuálneho posúdenia (skryté dutiny, začínajúca hniloba).
Pre zvýšenie objektivity posúdenia či niektorá drevina neohrozuje zdravie, bezpečnosť, príp. majetok odporúčame prístrojové hodnotenie stability.

Akustická tomografia

  • patrí medzi profilové metódy, pri ktorých sa hodnotí priečny rez kmeňa
  • tomograf Fakopp 3D nedeštruktívnou metódou deteguje veľkosť a polohu hniloby a dutín vo vnútri kmeňa stromu
  • princíp spočíva v meraní rýchlosti šírenia zvukových vĺn (s presnosťou na mikrosekundy) medzi viacerými senzormi po obvode kmeňa hodnoteného stromu, pričom rýchlosť klesá pri výskyte hniloby alebo dutiny vo vnútri kmeňa
  • výsledný tomogram predstavuje digitálny prierez vnútornej štruktúry kmeňa v hodnotenej vrstve (2D), prípadne vo viacerých vrstvách (3D)
  • ArborSonic 3D základe tomogramu a parametrov výšky stromu, plochy koruny, sklonu kmeňa, maximálnej rýchlosť vetra vypočíta bezpečnostný faktor stability dreviny
  • hodnotenie stability dreviny v teréne trvá iba 10-30 minút, je možné realizovať takmer celoročne

2D tomogram zdravej dreviny

2D a 3D tomogram poškodenej dreviny so zníženou stabilitou)

V prípade záujmu o hodnotenie stability drevín a pre zaslanie cenovej ponuky nás kontaktujte e-mailom na adrese katarina.adamcikova@ife.sk  lebo telefonicky 0908-902-539

Expertíza zahŕňa

  • Vizuálne posúdenie zdravotného stavu
  • Prístrojové hodnotenie stability akustickým tomografom Fakopp3D (Fakopp Bt., HU)
  • Vypracovanie expertízneho posudku stability hodnotených drevín s príslušnou fotodokumentáciou
  • Návrh následných opatrení na udržanie, príp. zvýšenie stability drevín

Referencie

  • Mestské a obecné úrady (Bratislava, Žilina, Komárno, Trnava, Pezinok, Martin, Nitra, Zvolen, Oponice, Dubová, Marcelová…)